Existe a Portaria nº 146/2002, emitida pelo Ministério da Educação, que diz que as monografias são optativas, sendo o aluno estudante na rede particular ou pública. 

Na verdade, para o MEC, cada instituição de ensino deve fazer a sua melhor forma de adequar o seu currículo ditando o que deve ou não figurar na grade curricular do aluno.

Foi proposta pelo senador Eduardo Amorim um Projeto de Lei PLS nº 292/2016, para acabar com as TCC’s – Trabalhos de Conclusão de Cursos, conhecidas como Monografias, no final dos cursos superiores, no entanto, não há decisão definitiva sobre a questão.

Portanto, entendo que o MEC deixou a critério de cada instituição obrigar ou desobrigar a realização das monografias.

No seu caso acho que é melhor acatar a decisão da instituição, pois do contrário poderá ser prejudicada com o impedimento para receber o diploma de conclusão do curso.